当方はWindows 7機を所有していないので、現時点で検証はできません。
IEにこだわりがあるならしょうがないですが、Google Chromeなどでも同様に複数ページを開く設定は可能なので、そちらで試してみても良いかもです。

インターネットオプションを開いた時点で、全選択された状態になっており、選択を解除して「Enter」で改行すると消えてしまいます。
また、メモ帳で作成して貼り付けましたが、これもできませんでした
なお、、画面の上部に二つのホームページが表示されているので、問題はありません
ただ、インターネットオプションのホームページ個所に二つが表示されないだけなので、特に気にする必要はないでしょうか？
Windows7、IE11を使用しています

当方でもWindows 10 Creators Update適用後に確認してみましたが、特に問題なく操作できました。
例えば、改行前に前の行が全選択（反転している）などはないでしょうか？
1行目を入力後、矢印キーなどで最後にカーソルを持って行ってエンターを押すか、もしくはメモ帳などで複数行をコピーし、張り付けるなどしてみてください。